有害生物综合治理在理论上的特点有以下三方面：
、理论基础和指导原则。有害生物综合治理是以系统论、信息论和灭变论作为理论基础，以生态学的原则作为指导，把病虫害看作是农业生态系统中的重要组成部分，并认为农业的高产与稳定必须建立在植物与周围的生物和非生物环境之间协调的基础上，保持良好的农业生态系统，不断保护和培养环境资源。病虫害的防治不是孤立的，要从农业生态系统的总体出发，在防治措施的选择、运用和协调时，必须考虑生态系统的平衡和稳定。
第二、防治措施的选择和运用。没有一种防治措施是的，各种防治措施都各有其长处，也各有局限性。因此，有害生物综合治理的策略，要求各种措施取长补短，协调运用，特别重视自然控制因素的运用。所有人为防治措施应与自然控制相协调。
第三、就是防治目的。有害生物综合治理是管理系统，它不要求将有害生物彻底消灭，而是要将有害生物的种群数量控制在经济受害允许水平之下。