有机肥料进人土壤后，经微生物分解，缩合成新的腐殖质，它能与土壤中的粘土及钙离子结合，形成有机无机复合体，促进土壤中水稳性团粒结构的形成，从而可以协调土壤中水、肥、气、热的矛盾。降低土壤容重，改善土壤的粘结性和粘着性，使耕性变好。,由于腐殖质疏松多孔，其粘着力和粘结力比粘土小，比砂土大，因而既可以提高粘性土壤的疏松度和通气性，又可改变砂土的松散状态。腐殖质的颜色较深，可以提高土壤的吸热能力，改善土壤热状况。腐殖质疏松多孔吸水蓄水力强，可以提高土壤的保水能力。,单一施用化肥或养分配比不当，均会降低产品质量。实践证明有机肥料与化学肥料配合施用能提高产品品质，如提高小麦和玉米子粒中蛋白质含量。,有机肥养分释放均匀长久有机肥料所含的养分多以有机态形式存在，通过微生物分解转变成为植物可利用的形态，养分可缓慢释放，长久供应作物。比较而言化肥所含养分均为态，施入土壤后，肥效快，但有效供应时间短。,有机肥能提高土壤有机质含量，更新土壤腐殖质组成，培肥土壤 ，土壤有机质是土壤肥力的重要指标，是形成良好土壤环境的物质基础。,用药有机肥不仅减少了土壤有益微生物的种群，而且也为微生物的存活和交配获取能量和养分，从而影响了土壤肥力水平。,配合施用比单施化肥品质都有提高，小麦蛋白质含量提高1%，面筋提高2.3%，子粒全氮提高0.19%。中国农业科学院土壤肥料研究所的研究表明，不合理、过多地追施氮肥，蔬菜体内的硝酸盐含量明显增加，特别是白菜、菠菜和生菜可食部分，硝酸盐高达1000μg/g，高者可达1700μg/g，而厩肥区仅为200～500μg/g，低仅几十个μg/g。,中国土壤退化问题已经非常严重。通过休耕来恢复土壤是不可能的，肥料量太大，有机肥比例极低，土壤缺碳。